神功皇后が三韓出征より凱旋の際立ち寄ったとされ、850年社殿を建て誉田別名を奉祀したのが起源。源義経が八嶋に渡る途中、暴風にあい踞尾に避難し馬鞍を奉納して武運長久を祈願した時、休息に腰をかけたといわれる｢義経腰かけ石｣が境内にあります。

神功皇后が三韓出征より凱旋の際、この地に立ち寄ったと伝えられ、850年(嘉祥3年)現在地に社殿を建て、誉田別名(ほんだわけのみこと、応神天皇)を奉祀したのが起源です。また、配神には母である神功皇后、皇后と共に朝鮮出征で活躍した武内宿禰(たけのうちのすくね)が祀られています。
源義経が八嶋に渡る途中、暴風にあい家来の武蔵坊弁慶などを連れて踞尾に避難し、当神社に馬鞍を奉納して武運長久を祈願した時、義経が休息のため腰をかけたといわれる｢義経腰かけ石｣が、境内の正面参道階段を上った左手にあります。また、義経一行が神野庄司佐衛門宅に泊まり、千度講が食事の世話をしたので、その時の礼状が踞尾八幡神社古文書として保存されています。