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1562年日蓮宗の日珖が開いたとされ、境内の樹齢1,100年の大蘇鉄は国指定の天然記念物。千利休寄贈の六地蔵灯篭や瓢箪型手水鉢がある日本唯一の｢蘇鉄の枯山水｣庭園、堺事件の土佐藩士切腹の地でも有名です。

永禄5年(1562年)日蓮宗の学僧日珖が開いたとされ、境内には樹齢1,100年を超える蘇鉄(ソテツ)が堂々と堺のまちを見守っています。大蘇鉄は織田信長の所望で安土城に移植されましたが、毎夜｢堺に帰りたい｣と泣いたので、信長は激怒して｢切り倒してしまえ｣と命じました。蘇鉄は切り口から鮮血を流し大蛇のごとく悶絶し、恐れをなした信長は再び妙國寺に返したという伝説の樹で国指定の天然記念物です。現在大小120数本の幹枝を数え、江戸期の｢和泉名所図会｣には｢大枝22本、小枝78本、総まわり25尺、高さ22尺余り、枝葉6～7間は一面の蒼色ですいらんの如し｣と記された堺の名木の一つです。また、日本で唯一の｢蘇鉄の枯山水｣の庭園には、千利休の寄贈といわれる｢六地蔵灯篭｣や｢瓢箪型手水鉢｣があります。
慶応4年(1868年)堺港に上陸してきたフランス軍艦の兵に対し、堺の警固にあたっていた土佐藩士が阻止しようとしてフランス人22名を殺傷した堺事件で、土佐藩士11名が切腹した地としても有名です。山門を出たところに｢とさのさむらいはらきりのはか｣と刻まれた碑があります。
相州鍛冶の祖とされる新藤五(しんとうご)国光の短刀銘｢国光｣や、名刀工正宗の十哲の一人といわれ備前長船住長義(びぜんおさふねじゅうながよし)の脇指｢朱銘長義｣の重要文化財は、堺市博物館に寄託されています。

【名勝】妙國寺庭園が堺市指定文化財に！(平成24年4月)
国指定の天然記念物"ソテツ"を取り巻く石組と、本堂東側庭園が一体となって構成。江戸時代から堺を代表する名所でしたが、近年実施された調査の結果、築山を築かないソテツの配植を中心にした平庭林泉回遊式枯山水庭園であることが判明、江戸時代後期の姿を基本として復元整備がおこなわれました。
ソテツを中心とした枯山水庭園としては、全国的にも類をみない大変貴重なものです。