1868年堺港に上陸したフランス兵を警固の土佐藩士が阻止しようと殺傷した堺事件。境内の土佐十一烈士墓は切腹した藩士11名の墓で、開国期の外交関係の歴史を語り伝える遺跡として国指定の史跡です。

境内の土佐十一烈士墓は、慶応4年(1868年)に起った堺事件で切腹した土佐藩士11名の墓です。堺港に上陸してきたフランス軍艦の兵に対し、堺の警固にあたっていた土佐藩士が阻止しようと22名を殺傷したもので、公使が藩士の斬刑や謝罪など五ケ条の要求を提出し抗議しました。隊長ら20人の切腹が妙國寺本堂庭前で、フランス人士官等の立ち合いのもと行われましたが、11人が切腹した時点でその悲惨さに中止を命じられました。
箕浦隊長達11名の亡骸は妙國寺北隣の宝珠院境内に葬られ、墓碑は土佐藩主により建てられ後に修復されました。開国期の外交関係の歴史を語り伝える遺跡として重要で、国の史跡に指定されています。事件の詳細は旧｢堺市史｣等に紹介され、小説には森鴎外の｢堺事件｣や大岡昇平の｢堺港攘夷始末｣などがあります。